J’ai fait une mire spéciale pour mettre le phénomène en évidence :

La mire projette des bandes rouge, vert, bleu et gris le tout à 50% d'intensité et séparée en deux de façon à pouvoir voir les différence de couleurs sans avoir à porter les lunettes.
Une fois projetée, avec mon Optoma EP739H, voila ce que ça donne :

Pas terrible.
Alors pour corriger le problème, j'ai fait ce circuit électronique :
Ce montage atténue le signal à chaque image selon la position des potentiomètres RV1, RV2 et RV3.
Les interrupteurs SW1 et SW2 sont en fait un seul inverseur double à point milieu, son but est d'inverser la correction de couleur si le projecteur est synchronisé sur la mauvaise image. Si il est mis au point milieu, la correction est désactivée.
J'en ai aussi profité pour faire un switch d'inversion G/D pour les lunettes
(c'est le switch SW3).
Sur un oscilloscope, ça donne ça :

Voie 1 : signal DDC (pin 12 du connecteur VGA)
Voie 2 : vidéo rouge
Le signal vidéo est atténué en fonction du signal DDC qui pilote aussi les lunettes.
Et voila le résultat avec la correction activée et ajustée:

Le montage fonctionne bien au prix d'une perte de luminosité.
On peut compenser une partie de la perte de luminosité en poussant les réglages RVB du projecteur à 150%.