Tja, schwer zu sagen, es gibt da die unterschiedlichsten (Miß)Erfolgsberichte...die englischen Foren hier, bei nvidia und damals stereovision sind voll davon - auf englisch kriegst Du auf jeden fall deutlich mehr Infos als in der deutschen Sektion.
Da ich mittlerweile für die Stereoapplikationen auf Vista umgestiegen bin, kann ich Dir jedenfalls leider nicht weiterhelfen.
Generell gilt: Probieren geht über Studieren... Bei neueren titeln wie CoD musst Du wie bereits angedeutet VOR der Aktivierung des Stereoeffekts alles deaktivieren, was mit Shadern (HDR, Motion Blur, DoF etc) zu tun hat, sonst gibtet schwatte Bildschirm (oder Blue Screen of Death, wahlweise

)
Ausserdem mach dich auf starkes Flimmern gefasst - LCDs beherrschen leider nur 60 Hz Bildwiederholrate. Da bleiben pro Auge nur 30Hz über, das flimmert schon sehr. LCDs sind polarisiert - das gilt auch für die LCD Filter Deiner Shutterbrille. Evtl. passt die Ausrichtung von Brille und Monitor nicht zusammen, dann bleibt ein Auge immer schwarz und das andere flimmert, o.ä. wenn's so ist: Kopf leicht schräg stellen, wenns dann besser ist, Pech gehabt (oder Kopf so lassen). Alles in Allem bleibt das Fazit, dass Shutterbrillen und LCDs keine gute Kombi sind. Bis irgendjemand einfach mal auf die Idee kommt, ein LCD Monitor zu bauen der tatsächlich 120 Hz entgegennimmt und die passende brille dazu gleich mit (am besten mit Transmitter im Displayrahmen und über DVI ansteuerbar). Die Panele der ganzen neueren LCD TVs können auf jeden Fall schon mehr als 60Hz und produzieren dabei brauchbare Bilder ( alle Monitore mit BFI etc. nebenbei auch). Warum sie am Eingang aber stur nur 60 Hz entgegennehmen, weiss der Teufel und wer Gott noch...
Luke: wird der IZ3D Treiber evtl auch page flip über DVI beherrschen? Wenn ja, könnte man sich einfach einen optischen Sensor basteln, der sich auf das Flackern der CCFLs synchronisiert....